Miguel Ángel, Donatelo, Leonardo y Rafael regresan a los cines de todo el mundo a pelear contra villanos más grandes y aun más malvados, junto con April ONeil, Megan Fox, Vern Fenwick, Will Arnett, y un nuevo integrante, el vigilante y portador de la máscara de Hockey, Casey Jones, Stephen Amell. Después de que el supervillano Shredder escapa de la custodia policiaca, une fuerzas con científico loco, Baxter Stockman, Tyler Perry, y dos torpes secuaces, Bebop, Gary Anthony Williams, y Rocksteady, estrella de la WWE Stephen Sheamus Farrelly, para desatar su plan diabólico para dominar el mundo. A medida que las tortugas se preparan para detener a Shredder y a su nuevo equipo, se encuentran frente a un mal aún mayor, con intenciones similares: el notorio Krang.